Казанский университет: 1891-1892 гг. – сверхштатный ординатор факультетской хирургической клиники Императорского Казанского университета; Томский университет: 1892-1893 гг. – прозектор при кафедре оперативной хирургии Императорского Томского университета; 1893 - октябрь 1896 гг. – прозектор при кафедре нормальной анатомии Императорского Томского университета; Октябрь 1896 г. - декабрь 1896 г. – прозектор при кафедре оперативной хирургии Императорского Томского университета; Декабрь 1896 г. - сентябрь 1897 – приват-доцент при кафедре оперативной хирургии Императорского Томского университета; Казанский университет: 1897 г. - апрель 1904 г. – экстраординарный профессор по кафедре оперативной хирургии Императорского Казанского университета; Апрель 1904 – октябрь 1904 г. - экстраординарный профессор по кафедре хирургической патологии с десмургией и учением о вывихах и переломах Императорского Казанского университета; Октябрь 1904 г. - 1910 гг. – ординарный профессор по кафедре хирургической патологии с десмургией и учением о вывихах и переломах Императорского Казанского университета; 1910-1925 гг. – ординарный профессор по кафедре факультетской хирургической клиники Императорского Казанского университета.

Научные интересы Н.А. Геркена были связаны с вопросами оперативной хирургии, оториноларингологией, офтальмологией. Много внимания Н.А. Геркен уделял изучению трахомы и борьбе с ней на территории Чувашской АССР. Создал научную хирургическую школу, являвшуюся ответвлением Казанской научной школы хирургов.