Окончил Петербургский педагогический институт. После этого преподавал естествознание в средних школах, а затем в высших учебных заведениях. С 1814 г. преподавал естественную историю в Императорском воспитательном доме, с 1817 г. - ботанику в Благородном пансионе Петербургского университета. В Горном кадетском корпусе работал в течение более 30 лет. Преподавал зоологию и ботанику в Главном педагогическом институте, где с 1832 г. являлся экстраординарным, а с 1836 г. - ординарным профессором. Член Вольного экономического общества, Ученого Комитета по Горной и Соляной части. Один из учредителей, а с 1827 по 1842 г. - директор Императорского минералогического общества, много сделавшего для популяризации естественноисторических взглядов.

По другим данным родился в 1779 г. или 1782 г.

Конхилиология, или Изложение сведений о раковинах и животных, производящих оные / Сост. Яким Зембницкий. Ч. 1. СПб., 1831. Минералогическая система Моса, изложенная с замечаниями на оную в особенности и в отношении к минералогическим системам вообще. СПб., 1831. О местонахождении алмазов в России. СПб., 1832. Сокращенное руководство к систематическому определению ископаемых растений, встречающихся в различных пластах земного шара / Сост. Якимом Зембницким. Ч. 1-2. СПб., 1833. Об употреблении гранита в Петербурге. СПб., 1834. Историческое известие о знаменитом алмазе Санси. СПб., 1835. Взгляд на состояние зоологии до половины XVIII столетия, или до времен Линнея и Бюффона : Речь, чит. в торжеств. собр. по случаю вып. студентов Гл. пед. ин-та 1841 г. дек. 22 дня орд. проф. Якимом Зембницким. СПб., 1842.

Озерский А. Краткая биография Я. Г. Зембницкого, бывшего директора С.-Петербургского минералогического общества / / Записки Императорского Санкт-Петербургского Минералогического общества. 1867. Ч. 2. С. 316-319; Плетнев П. Первое двадцатипятилетие Императорского Санкт-Петербургского университета. СПб., 1844. С. 51; С.-Петербургский университет в первое столетие его деятельности 1819-1919: Материалы по истории С.-Петерб. ун-та / Под ред. проф. С.В.Рождественского. Пг., 1919. С. 23, 25, 28, 35, 241, 362, 369, 394-395, 439, 442, 454, 730; Соловьев С.П., Доливо-Добровольский В.В. Деятельность Минералогического общества до введения нового устава (1830-1864) // Соловьев С.П., Доливо-Добровольский В.В. История Всесоюзного Минералогического общества и его роль в развитии геологических наук. 2-е изд., доп. СПб., 1992. С. 34-49.

ЦГИА СПб. Фонд 13. Оп. 1. Главный педагогический институт за 1804-1859 гг. № 936 О назначении жалованья старшему учителю Зембницкому, 1819-1819 ЦГИА СПб. Фонд 13. Оп. 1. Главный педагогический институт за 1804-1859 гг. № 3249 О назначении академика Брандта ординарным профессором и продлении срока службы профессору Зембницкому, 1847-1847 ЦГИА СПб. Фонд 13. Оп. 1. Главный педагогический институт за 1804-1859 гг. № 3615 О службе экстраординарного профессора Зембницкого,1832-1850 ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 167 (Об исходатайствовании кол.ас. Якиму Зембницкому пособия за преподавание 1820 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 199 (О возвращении кол.ас. Якиму Зембницкому 2-х гербариев растений для ботанического комбината университета 1820 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 268 (О передаче старшим учителем Зембницкому минерального кабинета, 1821 г. ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 553 (О выбаллотировании в секретари из двух экстраординарных профессоров Щеглова и Зембницкого большинством голосов - первого для занятия сей должности, 1825 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 1247 (О награждении профессоров Санкт-Петербургского Университета Соколова, Бутырского и Зембницкого за выслугу лет следующими чинами,1827 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 1442 (О доставлении сведений о нс. Зембницком для получения знака отличия беспорочной службы, 1828 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 1908 (О пожаловании профессоров Бутырского и Зембницкого в сс. в кс., 1829 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 2317 (О доставлении формулярного списка господина Зембницкого, 1830 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 3050 (Об определении профессора Санкт-Петербургского университета Зембницкого в Главный педагогический институт, 1832 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 3257 (О рассмотрении господ профессоров Ржевского, Соколова, Бенгорда, Зембницкого и адъюнкта Семенова о достоинстве диссертации, 1832 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 3354 (О производстве в чины учителей Зембницкого, Наумова и Ильина, 1832 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 3384 (По отношению Главного инженерного училища о доставлении формулярных списков сс. Чижова и Соловьева, кс. Зембницкого и нс. Анкудовича, 1832 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 3612 (О пожаловании экстраординарному профессору Якиму Зембницкому ордена св. Анны 2 степени с императорской короной, 1833 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. № 3812 (О награждении господина профессора Зембницкого чином сс., 1833 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 1 Дела Совета. 1819-1832 гг. (№ 4130 О наградах преподавателей Горного института в числе коих профессора кс. Зембницкого подарком в 1000 рублей, 1836 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 3 Дела правления и правления по хозяйственному столу. Личные дела студентов 1914-1916 гг. № 2297 (О доставлении в Хозяйственную экспедицию С.-Петербургского воспитательного дома копий с послужных списков экстраординарного профессора Зембницкого и учителя Алексея Андриевского, 1827 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 3 Дела правления и правления по хозяйственному столу. Личные дела студентов 1914-1916 гг. № 2520 (Выдача профессорам С.-Петербургского университета: Чижову, Соколову, Зембницкому и Рогову вместо Всемилостивейше пожалованных им подарков деньгами, во что подарки назначены были, 1828 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 3 Дела правления и правления по хозяйственному столу. Личные дела студентов 1914-1916 гг. № 3500 (Согласие г. Зембницкого остаться членом Хозяйственного комитета С.-Петербургского высшего училища, 1830 г.) ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 3 Дела правления и правления по хозяйственному столу. Личные дела студентов 1914-1916 гг. № 5186 (Об увольнении в отпуск некоторых чиновников и студентов Университета, именно: студентов Твелькмейера, Смирнова, Арцемовичева, Пигасовского, Пухловского, фон Фреймана, де ла Кроа, Фанстеля; экстраординарного профессора Зембницкого, ординарного профессора Шнейдера и губернского регистратора Казимирского, 1835). ЦГИА СПб. Ф. 14. Оп. 24 Училищный Комитет за 1818 - 1835, 1907 гг. № 134 (О трудолюбии профессора Зембницкого, 1827).

Плетнев П. Первое двадцатипятилетие Императорского Санкт-Петербургского университета. СПб., 1844. С. 51; Соловьев С.П., Доливо-Добровольский В.В. Деятельность Минералогического общества до введения нового устава (1830-1864) // Соловьев С.П., Доливо-Добровольский В.В. История Всесоюзного Минералогического общества и его роль в развитии геологических наук. 2-е изд., доп. СПб., 1992. С. 34-49. http://www.minsoc.ru/tables.php?id=8&eid=136&print=