1880–1881 гг. – лаборант химической лаборатории Д.И. Менделеева. 1881–1882 гг. – преподаватель математики в Нарвской гимназии. Одновременно был классным наставником, членом хозяйственного комитета и библиотекарем. 1882–1885 гг. – преподаватель математики и физики 2-й петербургской гимназии. С 1885–1889 гг. – преподаватель математики и физики в минном офицерском классе в Кронштадте, лучшей тогда электротехнической школе в России, где в то время работал будущий изобретатель радио А.С. Попов. 1902–1909 гг. – по совместительству преподавал теорию электричества и термодинамику в Томском технологическом институте. Будучи профессором Императорского Санкт-Петербургского университета преподавал на Высших женских курсах. Являлся секретарем Временной комиссии по учебным пособиям Министерства народного просвещения. После революции Ф.Я. Капустин являлся членом Петроградской научной комиссии при управляющем уполномоченного научно-техническим отделом Высшего совета народного хозяйства (ВСНХ).

• Орден Святого Владимира IV степени (1906); • Орден Святой Анны II степени (1902); • Орден Святого Станислава II степени (1896); • Орден Святой Анны III степени (1891); • Орден Святого Станислава III степени (1884); • Серебряная медаль в память царствования Императора Александра III; • Светло-бронзовая медаль в память 300-летия царствования Дома Романовых.

• Литографированные записки по курсу физики. Ч. I. Томск, 1891; • О некоторых особенностях при наблюдении над атмосферным электричеством в зимнее время над поверхностью снега // Метеорологический вестник 1892. № 10; • О приготовлении трубок для опытов с лучами Рентгена // Протоколы Томского общества естествоиспытателей и врачей. Томск, 1896; • Предварительный отчет о командировке летом 1896 г. к устью Енисея для наблюдения полного затмения // Известия Томского университета. 1898. Книга 14; • Некоторые сведения о климате г. Томска. Томск, 1898; • Магнитные наблюдения в Томске, произведенные походным теодолитом Вильда, 1899 года профессорами Ф.Я. Капустиным и Д.А. Смирновым // Протоколы Томского общества естествоиспытателей и врачей за 1898–99 гг. Томск, 1900; • Определение магнитных элементов в г. Томске // Сборник трудов в память Э.Г. Салищева. Томск, 1904.

• Биографический словарь профессоров и преподавателей Императорского Санкт-Петербургского университета за истекшую третью четверть века его существования. 1869–1894 гг. Санкт-Петербург, 1896. Т. 1; • Весь Петроград. Петроград, 1917; • Наука в России: Справочник Петроград, 1922; • Профессора Томского университета: Биографический словарь. Вып. 1. 1888–1917 / Отв. ред. С.Ф. Фоминых. Томск, 1996; • Профессора Томского политехнического университета: Биографический справочник. Т. 1 / Автор и составитель А.В. Гагарин. Томск, 2000; • Некрылов С.А. Томский университет – первый научный центр в азиатской части России (середина 1870-х гг. – 1919 г.). Т. 1 / под ред.: Фоминых С.Ф. Томск: Издательство Томского университета, 2010; • Некрылов С.А. Томский университет – первый научный центр в азиатской части России (середина 1870-х гг. - 1919 г.). Т. 2 / под ред.: Фоминых С.Ф. Томск: Издательство Томского университета, 2011; • Профессора медицинского факультета Императорского (государственного) Томского университета – Томского медицинского института – Сибирского государственного медицинского университета (1878 – 2013): Биографический словарь / С.Ф. Фоминых, С.А. Некрылов, М.В. Грибовский, Г.И. Мендрина, А.И. Венгеровский, В.В. Новицкий. 2-е изд., испр. и доп. Томск, 2014. Т. 1.

• Государственный архив Томской области (ГАТО). Ф. 1562. Оп. 1. Д. 651.