С 1856 по 1857 г. был в Германии, занимался анатомией и физиологией. В 1860 г. К. Бэр приглашал его в Петербургскую Академию наук на должность адъюнкта анатомии и физиологии, но он отказался. Отставка 1865 г. из Дерптского университета была связана с планами участвовать в экспедиции к северному полюсу, однако оно не состоялось. В связи с этим поступил на должность приват-доцента в университете в Киле. В 1867 г. занял должность ординарного профессора анатомии и гистологии в том же университете. С 1872 по 1873 г. и с 1873 по 1874 г. исполнял обязанности ректора. В 1875 г. приглашен в Кенигсбергский университет, где с 1879 по 1880 г занимал должность ректора. В 1880 г. начал работать в Мюнхенском университете. Возглавлял этот университет с 1896 по 1897 г.

Почетный член Бостонского Общества естественной истории, Баварской Академии наук, Императорского общества наук в Геттингене, Физико-медицинского общества в Эрлангене, Оффенбахского естественнонаучного общества.

De medulla spinalis textura in ranis ratione imprimis habita indolis substantiae cinereae, Diss. Dorpat 1854. Beobachtungen üb. d. Entwicklung d. Knochenfische, in: Archiv f. mikroskop. Anatomie 4, 1868, S. 209-72. Das Verhältnis d. Drüsennerven zu Drüsenzellen, in: Archiv f. mikroskop. Anatomie 9, 1873, S. 387-95. Über Sternzellen d. Leber, in: Archiv f. mikroskop. Anatomie 12, 1876, S. 353-58. Über Differenzierung d. Protoplasmas an d. Zellen tier. Gewebe, Schrr. d. naturwiss. Ver. f. Schleswig-Holstein, 1875. Über d. Bau d. Nervenfasern, in: SB d. Ges. f. Morphol. u. Physiol. 1, 1885, S. 11-14. Über d.|Nachweis d. Gallenkapillaren u. spezif. Fasern in d. Leberläppchen durch Färbung, ebd. 5, 1889, S. 82-86.

Биографический словарь профессоров и преподавателей Императорского Юрьевского, бывшего Дерптского университета за сто лет его существования (1802-1902). Т. 2. Юрьев, 1903. С. 21-25. R. Szymańska u. M. Schmidt-Pospula, Z historii badań Tadeusza Browicza (1847–1928) i Karola Kupffera (1829–1902) nad komórkami siateczkowo- śródbłonkowymi wątroby (Auf d. Gesch. d. Forschungsarbb. v. Tedeusz Browicz u. K. K. üb. d. Retikularendothelzellen), in: Archivum historii medyzyni 42, 1979, S. 331-36 Kahle, Erhart, “Kupffer, Karl von” in: Neue Deutsche Biographie 13 (1982), S. 319 f. [Online-Version]; URL: https://www.deutsche-biographie.de/pnd118778234.html#ndbcontent Kenjiro Wake. Karl Wilhelm Kupffer And His Contributions To Modern Hepatology. Comp Hepatol 3 (Suppl 1) (2004) S2 URL: https://comparative-hepatology.biomedcentral.com/articles/10.1186/1476-5926-2-S1-S2

EAA.402.3.903 Kupffer Karl Vilhelm, 1849 - 1870

Биографический словарь профессоров и преподавателей Императорского Юрьевского, бывшего Дерптского университета за сто лет его существования (1802-1902). Т. 2. Юрьев, 1903. С. 21-25. Kahle, Erhart, “Kupffer, Karl von” in: Neue Deutsche Biographie 13 (1982), S. 319 f. [Online-Version]; URL: https://www.deutsche-biographie.de/pnd118778234.html#ndbcontent Kenjiro Wake. Karl Wilhelm Kupffer And His Contributions To Modern Hepatology. Comp Hepatol 3 (Suppl 1) (2004) S2 URL: https://comparative-hepatology.biomedcentral.com/articles/10.1186/1476-5926-2-S1-S2