В 1884 г. был оставлен штатным врачом-ординатором госпитальной терапевтической клиники. С 1904 года — профессор кафедры госпитальной терапии медицинского факультета Новороссийского университета в Одессе. В 1905—1914 гг. — профессор кафедры врачебной диагностики медицинского факультета Киевского Императорского университета святого Владимира. С 1914 года — профессор кафедры госпитальной терапии медицинского факультета в этом же университете.

Ф. Г. Яновский — один из основателей фтизиатрии, как отдельной отрасли клинической медицины. Он был редактором первого руководства по туберкулёзу (1923). При его активном участии были организованы санатории для туберкулёзных и лёгочных больных, а также Киевский институт туберкулёза (ныне Национальный институт фтизиатрии и пульмонологии имени Ф. Г. Яновского). Предложил способ перкуссии Яновского, при котором постукивание указательным и средним пальцем производят непосредственно по поверхности тела, а не по пальцу другой руки или плессиметру. Описал признак Яновского (усиление бронхофонии, как ранний признак пневмонии; шум трения брюшины над жёлчным пузырём — признак перихолецистита или угрожающей перфорации жёлчного пузыря). Он внедрил микробиологические методы исследования в клинику внутренних болезней. Его работы были посвящены пульмонологии, гастроэнтерологии и нефрологии. Являлся организатором санаторно-курортного лечения на Украине и службы скорой медицинской помощи в Киеве. Основатель украинской терапевтической школы