Был сторонником реформирования системы образования, в частности, отмены телесных наказаний. Принимал активное участие в обсуждении реформ высшего образования.

После окончания университета стал студентом профессорского института при Дерптском университете. С 1833 по 1835 г. проходил усовершенствование за границей. После возвращения работал в госпиталях в Санкт-Петербурге. В 1838 г. был в Париже с научной целью. С 1841 по 1856 г. был профессором госпитальной хирургии Петербургской медико-хирургической академии. В 1847 г. был на Кавказе, где исследовал возможность применения наркоза. Спустя год, в период эпидемии холеры в Петербурге, изучал изучал патолого-анатомические изменения, производимые болезни. В период Крымской войны был на театре военных действий. В 1856 г. стал исполняющим должность попечителя Одесского учебного округа. С 1858 по 1861 г. - попечителем Киевского учебного округа. С 1862 по 1866 г. был за границей, где наблюдал за занятиями находившихся там русских студентов. С 1866 г. поселился в с. Вишни (современная часть Винницы). В 1870 г. был в Эльзасе, где осматривал военно-санитарные учреждения. Ту же работу он выполнял в 1877-1878 гг. в Болгарии на фронтах русско-турецкой войны.

Собрание сочинений. В 8-ми т. М., 1857-1962. Сочинения. Киев, 1910 Сочинения. 2-е изд. Киев, 1914-1916 Полный курс прикладной анатомии человеческого тела. СПб., 1843-1845. Патологическая анатомия азиатской холеры. СПб., 1849. Топографическая анатомия по распилам через замороженные трупы. Тт. 1-4. СПб., 1851-1854. Собрание литературных статей. Одесса, 1858. Университетский вопрос. СПб., 1863. Из Гейдельберга. СПб., 1863. По поводу занятий русских ученых за границей. СПб., 1863. Отчет о посещении военно-санитарных учреждений в Германии, Лотарингии и Эльзасе в 1870 году. СПб., 1871. Речь Н.И. Пирогова, произнесенная на юбилейном празднестве его 24-го мая 1881 года. М., 1881. Севастопольские письма Н. И. Пирогова 1854-1855 гг. СПб., 1899. О желательных преобразованиях Медико-хирургической академии. СПб., 1902. Вопросы жизни. Дневник старого врача. Изданіе Пироговскаго т-ва. 1910. Труды по экспериментальной, оперативной и военно-полевой хирургии (1847—1859) Т 3. М.; 1964 г. Севастопольские письма и воспоминания. М., 1950. Избранные педагогические сочинения. М.: Педагогика, 1985.

Геселевич А. М. Научное, литературное и эпистолярное наследие Николая Ивановича Пирогова: [библиогр. указ.]. М., 1956. Штрайх С.Я. Н.И. Пирогов. М., 1933. Порудоминский В.И. Пирогов. М., 1965 (ЖЗЛ). Мусин-Пушкин А.А. Н.И. Пирогов, как педагог. Пг., 1917. Гринев М.В. Николай Иванови Пирогов (1810-1881) // Вестник хирургии им. И.И. Грекова. 2010. Т. 169. № 5. С. 9-10. Майстренко Н.А. Николай Иванович Пирогов - национальная гордость России // Вестник хирургии им. И.И. Грекова. 2010. Т. 169. № 5. С. 11-12. Федоров В.Д., Глянцев С.П. Гениальность и нравственность в жизни и деятельности Николая Ивановича Пирогова // Вестник Российского государственного медицинского университета. 2010. № 5. С. 93-97. Королева Е.П. Николай Иванович Пирогов и его вклад в современную медицину // Медицина труда и промышленная экология. 2011. № 1. С. 1-3.

ВММ, ф. 21, 720 ед. хр., 1836-1881. РНБ, ф. 583, 4 ед. хр., 1853-1877. Музей землеведения, 2 папки, 1880-1881. Музей Пирогова, 25 ед. хр., 1850-е - 1880-е гг. EAA.1862.2.75 Testament und andere Nachlassdokumente des Landmarschalls und Ritters Carl Gotthard von Liphart zu Ratshof, Schwiegervaters des Otto Magnus v. Stackelberg. Genannt ist die Rechnung an Prof. Pirogov, 1854 - 1856

Биографический словарь профессоров и преподавателей Императорского Юрьевского, бывшего Дерптского университета за сто лет его существования (1802-1902). Т. 2. Юрьев, 1903. С. 261-268.