Во время службы в ИМУ был активным членом ученых обществ: МОИП, МОСХ, Московского общества акклиматизации растений, Общества любителей художеств, Русского музыкального общества. Член Попечительского комитета о бедных студентах. Чоен-корреспондент Петербургской АН (1891)

В 1854-1856 гг. служил в Архиве Министерства иностранных дел

В 1856-1858 гг. занимался подготовкой магистерской диссертации за границуй, в Берлинском и Йенском университетах. Увлекался музыкой и литературой, поддерживал дружеские связи со многими писателями и общественными деятелями. Вышел в отставку из ИМУ в 1868 г. вместе с группой либеральных профессоров в связи с "лешковской историей". Уехал в родовое имение, где в 1875 г. открыл народную школу, основанную на разработанной им системе народного воспитания - впоследствии она легла в основу создания системы церковно-приходских школ в России. На собственные средства к 1890-м годам содержал десять народных школ, опыт которых описывал в публицистике.

О партеногенезе у растений // Вестник естеств. наук. 1859; Цветы и насекомые // Рус. вестник. 1863. № 1; Заметки сельского учителя // Русь. 1881, № 1/2; Заметки о сельских школах. СПб., 1883; Учителя и учительницы // Нар. образование. 1898. № 9; Геометрические забавы. М., 1901.

Горбов Н. М. С. А. Рачинский. СПб., 1903; Мироносицкий П. П. С. А. Рачинский и церковная школа. СПб., 1910; Георгиевский В. Т. С. А. Рачинский (поборник нар. просвещения – друг крест. детей). СПб., 1912; Майорова О. Е. Моск. петиметр (Из истории рус. утопизма) // Лица: Биографич. альманах. Вып. 4. М.; СПб., 1994. С. 54–71; Стеклов М. Е. Четыре портрета. Смоленск, 1995; Соловков И. А. Авторская школа проф. Рачинского // Начальная школа. 1998. № 3; БЕ; БСЭ; Волков В.А., Куликова М.В. Московские профессора XVIII - начала XX веков: Естественные и технические науки. М., 2003