Ш. родился в дворянской семье. Отец – Александр Алексеевич Шахматов, чиновник, юрист. Мать – Мария Федоровна Бистром. У Ш. было три сестры, одна сводная Наталья Александровна и две единоутробных – старшая Евгения (в замужестве Масальская) и младшая Ольга. В мае 1871 г. умер отец, в январе 1871 г. – мать. Троих малолетних детей, Евгению, Алексея и Ольгу, взяли на воспитание дядя Алексей Алексеевич Шахматов и его жена. Раннее детство Ш. прошло в саратовском имении дяди селе Губаревка, где имелась богатая библиотека. Гуманитарным образованием Алексея занимался дядя, некогда закончивший Гейдельбергский университет. Мальчик учил французский, немецкий, греческий и латинский языки, интересовался русской историей. Учился в основном дома, периодически – в московских гимназиях (поступил в частную гимназию Ф.И. Крейцмана, окончил четвертую московскую гимназию). В 1878 г., будучи гимназистом, написал статью о происхождении языков и представил ее профессорам Московского университета В.Ф. Миллеру, Н.И. Стороженко и Ф.Ф. Фортунатову. С этого времени началось его научное общение и ученичество и Фортунатова, который привлек Ш., тогда гимназиста восьмого класса, в качестве неофициального оппонента на защите магистерской диссертации А.А. Соболевского «Исследование в области русской грамматики». Несогласие Ш. с некоторыми спорными положениями диссертации Соболевского и дискуссия на защите между диссертантом и оппонирующим ему гимназистом положили начало долголетним неприязненным отношениями между этими учеными. В 1883 г. Ш. поступил на историко-филологический факультет Московского университета, который окончил в 1887 г. (выпускное кандидатское сочинение «О долготе и ударении в общеславянских языках») и был оставлен при университете для подготовки к профессорскому званию. В 1886 г. опубликовал первый крупный научный труд «Исследование о языке новгородских грамот XIII и XIV в.». Став в 1890 г. приват-доцентом Московского университета, Ш. свою пробную лекцию 1 марта 1890 г. посвятил проблеме реконструкции литературного наследия летописца XI в. Нестора («О сочинениях преподобного Нестора»). В конце 1890 г. Ш. уволился из университета и уехал в свое саратовское имение Губаревку, поступил на службу земским начальником пятого участка Саратовского уезда, в составе которого находилась Губаревка. 12 марта 1894 г. в Московском университете состоялась защита магистерской диссертации Ш. «Исследование в области русской фонетики», оппоненты – Р.Ф. Брант, Ф.Е. Корш, В.Ф. Миллер, Ф.Ф. Фортунатов. По результатам защиты Ш. была присуждена не магистерская, а сразу докторская степень. В 1909 г. Ш. была присуждена ученая степень доктора философии Пражского, а в 1910 г. Берлинского университетов. В ноябре 1894 г. по представлению академиков А.Ф. Бычкова и И.В. Ягича Ш. был избран адъюнктом Академии наук. В 1897 г. избран экстраординарным академиком, в 1899 г. – ординарным. В Академии наук Ш. занимался составлением словаря русского языка (возглавил это направление в 1897 г.), исследовал говоры славянских языков (кроме русского – лужицкий, сербохорватский, словенский), для чего в 1896 и 1903 гг. ездил в зарубежные командировки. С 1898 г. – член Правления Академии наук, с 1906 г. – председатель Отделения русского языка и словесности, возглавлял издание Известий ОРЯС. С 1894 г. Ш. жил в Петербурге, где женился на Наталье Александровне Градовской (дочери историка проф. А.Д. Градовского), от которой имел четверых детей: Ольгу (1897), Александра (1898), Софию (1901) и Екатерину (1903). В 1905 г. вступил в партию кадетов, но со временем, после 1907 г., отошел от общественной деятельности. Был почетным членом и членом ряда научных обществ: с 1895 г. – Общества любителей древней письменности и искусства, с 1896 г. – Русского географического общества и Московского общества любителей естествознания, антропологии и этнографии, с 1899 г. – Общества любителей российской словесности, с 1900 – Русского библиологического общества и Археографической комиссии. Член Сербской Академии наук (с 1904 г.), член-корреспондент Краковской Академии наук (с 1910 г.).

О языке новгородских грамот XIII–XIV вв. СПб., 1886; Разбор сочинения И.А. Тихомирова «Обозрение летописных сводов Руси Северо-Восточной». СПб., 1899; Исследование о языке двинских грамот. СПб., 1903; Разыскания о древнейших русских летописных сводах. СПб., 1908 (2-е изд.: История русского летописания. СПб., 2002. Т. 1); Обозрение летописных сводов XIV–XVI вв. М.; Л., 1938 (2-е изд.: История русского летописания. СПб., 2011. Т. 2); «Повесть временных лет» и ее источники // Труда Отдела древнерусской литературы. М.; Л., 1940. Т. 4; Синтаксис русского языка. 2-е изд. Л., 1941; Сборник статей и материалов. М.; Л., 1947; Из трудов А.А. Шахматова по современному русскому языку. М., 1952; Историческая морфология русского языка. М., 1957.

Биобиблиография: Список печатных трудов А.А. Шахматова // Известия ОРЯС. 1920. Т. 25; Алексей Александрович Шахматов. 1864–1920. Л., 1930. Лит.: Масальская Е.А. Повесть о брате моем А.А. Шахматове. «Легендарный мальчик». Л., 1929; Известия ОРЯС. 1920. Т. 25. Пг., 1922; Ляпунов Б.М. Памяти акад. Алексея Александровича Шахматова. Обзор его лингвистических трудов // Известия ОРЯС. 1923. Т. 28; 1925. Т. 29; Колесов В.В. Шахматов А.А. // Славяноведение в дореволюционной России: Биобиблиографический словарь. М., 1979. С. 366–369; Макаров В.Н. «Такого не бысть на Руси преже…» Повесть об академике А.А. Шахматове. СПб., 2000.; Сиренов А.В. А.А.Шахматов // Биографика СПбГУ. URL: https://bioslovhist.spbu.ru/person/817-shakhmatov-aleksey-aleksandrovich.html

СПФ А РАН Ф.134, ОР РНБ Ф. 846, ИРЛИ Ф. 476, РГАЛИ Ф. 318.