октябрь 1895 - 1901 гг. - экстраординарный профессор по кафедре ботаники Императорского Юрьевского (Дерптского) университета; с октября 1895 г. - директор Ботанического сада Императорского Юрьевского (Дерптского) университета; 1901-1915 гг. - ординарный профессор по кафедре ботаники Императорского Юрьевского (Дерптского) университета.

С 11 ноября 1912 г. - приват-доцент по кафедре акушерства и женских болезней Императорского Николаевского (Саратовского) университета.

В 1803-1819 гг. - профессор Главного педагогического института, в 1819-1821 гг. - профессор Санкт-Петербургского университета. С 1805-1811, 1816, 1818 и.д. директора Института. После смерти первого директора Педагогического института И.И. Коха, в марте 1805 г. К. формально, как старший по возрасту и выслуге лет профессор, исполнял должность директора Педагогического института. Сведений о его назначении директором в это время в архивах МНП и университета не обнаружено, характер делопроизводства Конференции позволяет считать, что в это время она была своеобразным «коллективным руководителем» Института. Подпись К. на исходящих бумагах стоит в ряду автографов других профессоров, но всегда – после подписи конференц-секретаря И.И. Мартынова. Однако в историографии все же принято считать, что Кукольник исполнял директорские обязанности до назначения Е. А. Энгельгардта в 1811 г. После назначения Е.А. Энгельгардта директором Царскосельского лицея в феврале 1816 г. К. был определен исполняющим должность директора Института и исполнял ее до 23 декабря 1816 г. В мае-июле 1818 г. он еще раз исправлял должность директора Института на время отсутствия Д.А. Кавелина.

В 1824–1832 гг. – профессор по кафедре всеобщей истории и статистики ИВилУ. В 1831–1832 гг. – заведующий библиотекой и нумизматическим кабинетом ИВилУ.

С 1880 по 1884 г. – приват-доцент, с 1884 по 1888 г. экстраординарный, а с 1888 г. – ординарный профессор, затем – заслуженный ординарный профессор до 1919 г. Университета св. Владимира.

В Петербургском университете 1845-1847 преподаватель Философский факультет (1-е отд.)

1890–1895 гг. – исполняющий должность прозектора по кафедре физиологии Императорского Томского университета. 1898–1903 гг. – приват-доцент по кафедре физиологии Императорского Санкт-Петербургского университета. Январь-февраль 1903 г. – ординарный профессор по кафедре зоологии, сравнительной анатомии и физиологии Казанского университета. 1903–1904 гг. – экстраординарный профессор по кафедре физиологии Императорского Томского университета. 1904–1924 гг. – ординарный профессор (позднее заведующий) кафедрой физиологии Императорского Томского университета.

В 1803–1829 гг. – профессор ИВилУ декан физико-математического отделения

С 1816 г. - лектор греческого языка при ИХУ С 1818 г. - адъюнкт словесного факультета ИХУ, кроме греческого языка читал также лекции по всеобщей географии и статистике В 1826-1831 гг. - экстраординарный профессор по кафедре греческого языка и древностей на словесном факультете ИХУ

В Петербургском университете 1811-1821 Адъюнкт-профессор Петербургский университет кафедра общих прав Философско-юридического факультета